O início da construção da Igreja de São Francisco de Assis data de 1762. A execução do programa litúrgico-ornamental do seu interior passou a mobilizar os terceiros franciscanos a partir dos fins dos anos 1770, naturalmente sem descuido dos demais aspectos da obra.
Com apenas uma torre lateral e detalhes em cores fortes, a igreja chama a atenção pelo belo interior, onde é possível ver as incríveis pinturas da capela-mor e da sacristia; de José Soares de Araújo e Caetano Luiz de Miranda, dois grandes nomes da arte sacra mineira.
Largo de São Francisco
O templo de Nossa Senhora da Conceição e São Francisco de Assis construído pelos irmãos terceiros franciscanos de Diamantina é um belo exemplar da arquitetura religiosa setecentista mineira de madeira e barro.

O sistema construtivo empregado foi o predominante em toda a região, seja para a arquitetura religiosa seja para a civil: esqueleto estrutural em madeira, vedações em adobe emboçadas, rebocadas e caiadas de branco, e cobertura diferenciada dos volumes: quatro águas na torre, duas águas na nave e na capela-mor, e meia-água na sacristia e no consistório. Por meio dos volumes quadrangulares, portanto, pode-se ler claramente a disposição dos espaços internos.
Interior do Templo: A Nave
A planta é composta pela organização sequencial de espaços retangulares em T, conforme a tradição da capela luso-brasileira dos séculos XVII e XVIII, com nave, capela-mor, ladeada por sacristia e consistório, e coro alto à entrada do átrio.

Nas igrejas mineiras dentro do campo da talha prevaleceu o programa de três retábulos, o altar-mor e dois colaterais no arco cruzeiro, geralmente filiados à estética rococó, diferentemente do acervo diamantinense, no qual predominam as composições apegadas ao estilo joanino.
Os espaços principais têm acabamentos muito bem requintados, bombeados pelas abóbadas de berço das forrações da capela-mor e da nave. Ambas possuíam pinturas ornamentais em perspectiva, mas a da nave perdeu-se em data que não foi possível identificar, provavelmente quando dos trabalhos de modernização do templo, realizados em 1917.
Capela-mor
Os trabalhos no interior da igreja se iniciaram pela capela-mor, incluindo a confecção do retábulo, sua policromia e douramento, e a elaboração da pintura do teto. É possível que o retábulo estivesse pronto em 1774, quando se referiu à colocação de vidros no nicho de Nossa Senhora da Conceição, localizado no sacrário. Não há, entretanto, no decorrer de toda a obra, qualquer menção a entalhador ou à elaboração de risco e execução de talha.

Na capela-mor, estão as únicas obras integralmente do século 18. De excelente talha e ao gosto joanino (apesar das colunas de fuste reto), o retábulo-mor é o ponto alto dessa igreja franciscana. Os santos de roca, tão populares em Minas na segunda metade do século, estão presentes. Ao centro, São Francisco de Assis; nos nichos laterais, Santa Maria Margarida de Cortona e São Domingo.
Estruturado por dois pares de colunas compósitas com caneluras apoiadas sobre volumosos modilhões e cintadas por entablamento vigoroso, o retábulo apresenta vibrante coroamento em dossel ondulado que se alonga para o alto, ornado por motivos contracurvados, cortinados e sanefas, abrigando o arco fechado marcado por tarja, também alongada, emoldurada por concheados e arrecadas de flores. Os apoios laterais são compostos por belos ornatos em curva e contracurva, ornamentados por esplêndida talha de concheados e motivos florais de forte relevo, que pode ser associado à arte barroca no norte português.
Pintura do Forro
No forro, a pintura de José Soares de Araújo não tem equivalente em suas obras anteriores, mostra a Virgem rodeada de anjos dentro de um medalhão cercado por motivos conchóides e guirlandas.

As extremidades transversais do painel, junto ao retábulo-mor e ao arco cruzeiro, foram definidas por arcos moldurados pintados em tons gríseoazulados e apoiados sobre pilastras misuladas de forte perfilatura, por sua vez, assentadas em plintos retos. Todos esses elementos são trabalhados em perspectiva e decorados em talha fingida com motivos de arrecadas de flores e concheados.
As laterais apresentam segmentos de muros maciços ornados por vasos modelados com flores em vermelhão e folhas em verde-escuro. O arranjo ornamental é enriquecido por meio de figuras antropomórficas de anjos que seguram palma e ramos de rosas, cravos e lírios nos ângulos do painel.
No medalhão central, apresenta-se a Virgem sobre nuvens, com manto azul esvoaçante e túnica branca, envolvida por querubins nas laterais e raionado e festão na parte superior.

O tratamento pictórico da capela-mor inclui, ainda, os belos painéis frontais do supedâneo e a pintura do camarim, ambos revelados nos trabalhos de restauro. Os primeiros representam cenas bíblicas do Antigo Testamento, a Escada de Jacó, na lateral esquerda, e Jacó e o Anjo, na direita, delimitadas por delicada moldura dourada pintada e pela estrutura de pilastras, base e entablamento perfilados do próprio painel.
Merece destaque especial a ornamentação do camarim do altar-mor, descoberta e restaurada durante as recentes obras de restauro do monumento. A superfície de fundo foi pintada em motivos de fitas e laçarotes encadeados, entrelaçados a ramagens e ramalhetes de florinhas e flores douradas trabalhadas em relevo com punção, propiciando magnífico efeito de cintilação que se repete no fundo dos nichos.
Arco cruzeiro
Com relação ao arco cruzeiro, os fustes e bases das pilastras receberam tratamento apainelado, em ordenamento compósito. A chave é assinalada por tarja dourada em versão mais leve do modelo joanino do Carmo, elaborado em 1766 por Manoel Pinto.
O efeito ilusionista dos detalhes de flores e rocalhas de talha fingida cintilando sobre sombras e fundos lisos foi empregado, não somente no retábulo, mas também no arco cruzeiro, na cimalha da capela-mor e no púlpito, o que enriquece o conjunto ornamental e amplia a unidade estilística.
Como no caso dos altares, não há indicação documental sobre os trabalhos de molduragem do arco cruzeiro e da cimalha da capela-mor, bem como do acabamento das arcadas de sustentação do coro, possivelmente executados nos anos 1770. Do mesmo modo, a execução da tarja do mesmo arco, das cimalhas da nave e do púlpito não foi mencionada na documentação remanescente, tendo sido confeccionados provavelmente na década de 1780. Quanto à autoria, a tarja do cruzeiro e as cimalhas da capela-mor estariam incluídas na obra de talha do retábulo ajustada, presumivelmente, com o entalhador Manuel Pinto de Bessa.
Altares Laterais
Com relação aos retábulos laterais, sua confecção se deu mais tarde, mas, como no caso do altar-mor, não há qualquer informação sobre autoria e datas de projeto e execução. É certo que estavam concluídos antes de 1837/1839, quando se ajustou sua pintura. Esses retábulos receberam intervenção na segunda metade do século XIX, realizada pelo artífice e arquiteto John Rose. Conservam, no entanto, traços de antigos modelos locais, não se podendo precisar as possíveis modificações, nem os motivos que levaram a Ordem a substituir ou reformar os antigos altares pouco mais de três décadas após sua pintura.
Púlpito
O púlpito se localiza à direita, e o cancelo, ou grade, como se encontra nos documentos antigos, define a área dos altares laterais e divide informalmente o espaço da nave em duas seções diferenciadas por desnível no piso.
Apresenta elegante perfil e bacia moldurada em desenho baseado no modelo adotado no púlpito da igreja carmelita.
Coro
Além do magnífico trabalho de pintura e douramento executado por José Soares de Araújo e sua equipe que dá o tom majestoso ao acabamento do interior do templo é digno de nota, também, o arranjo do coro, onde a arcada de sustentação, composta em modulação “a-b-a”, e o grande arco intermediário rebaixado – ornado no fecho por par de volutas contracurvadas e, nas bases laterais, por modilhões que amparam as pias de água benta, formam belo e elegante conjunto com a cimalha e a balaustrada torneada.

Iluminação

No interior, as passagens de um setor a outro são marcados sobretudo pela decoração pictórica dos tetos e pela alternação da luminosidade na sequência de espaços: o átrio, mais sombrio; a nave, mais clara; e novamente a redução de luz na capela-mor.
Esta diferenciação de intensidade de luz em seu interior também contribui pra a teatralidade do espaço, tão típica de construções barrocas.
Forro da Sacristia
Interessantíssima é a pintura existente no forro da sacristia, datada de 1795, e atribuída a outro importante pintor da região na época, Silvestre de Almeida Lopes. Representa São Francisco de Assis em mística conversação com o Cristo Crucificado. Em torno deste quadro central, o autor desenvolveu uma densa trama decorativa repleta de rocalhas, motivos florais e quatro graciosas figuras de anjos colocados nos eixos laterais da composição. Abaixo do quadro, estão inscritas as frases do diálogo místico.
Essa pintura, foi atribuída em estudos recentes ao pintor Caetano Luiz de Miranda que teve também participação na pintura da capela-mor, em detalhes de ornatos do camarim do retábulo e nas figuras de meninos do teto, considerando a diferença de quinze anos entre essa obra e a da tarja do consistório. Trabalhou presumivelmente, portanto, em parceria com o guarda-mor José Soares de Araújo, assim como na nave de Nossa Senhora do Carmo.
O pintor, até onde informa a documentação, não pertenceu à Ordem Terceira. Entretanto, Antônio Pinto de Miranda, também pintor, foi irmão e ocupou cargos na mesa, como o de vigário do Culto Divino. Mas, em 1780, junto com outros irmãos, teve sua expulsão determinada pelos membros da mesa por não cumprir compromissos financeiros assumidos. Tanto ele como Caetano e seu filho Estanislau fizeram desenhos para os livros de estatutos da Ordem.
A originalidade desse forro junto à magnífica pintura da capela-mor do Senhor de Matozinhos serrano, constitui obra de notável criatividade, um dos pontos altos da arte brasileira do período rococó.
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